因為牙周病的主要是由牙菌斑在牙面上，並對牙周組織造成刺激而形成，牙菌斑是牙周病的始動因數，治療牙周病也就是去除牙菌斑，祛除牙菌斑最好的方式就是齦上潔治術、齦下刮治術。齦上潔治術又稱為洗牙，它用超聲波振盪的方式來去除牙齦以上的大塊牙齒和牙菌斑。齦下刮治術又稱為根面平整術，它是用手動的方式來去除牙齦以下，牙根部的牙石、牙菌斑以及一些炎性的肉芽組織，牙周病的治療系統的就是牙周治療，包括齦上潔治和齦下刮治。一般在一次潔治或者刮治做完之後，觀察一段時間之後，要繼續在進行潔治和刮治，看看是否有遺漏的牙齒，以免再給牙齦造成刺激，而牙齒特別多的患者，就需要分次來進行。

因為牙齒的上下頜可以分四個象限，每一次要潔治和刮治一個象限。因為這個過程得十分複雜，有的需要在局麻下來進行，這時候就要非常要求非常細緻，這就是系統的牙周治療方法。牙周病就要洗幾次牙，也就是做做幾次牙周的治療，這樣才能更好的控制住牙周病。