嚴重牙周病的治療方法初期與普通的牙周病治療方法一致，首先都需要洗牙再進行系統的牙周刮治，也就是所謂的齦下刮治和根面平整。

待全口牙都進行完牙周刮治以後3個月進行復查，如果局部牙位仍有較深的牙周袋以及骨吸收，後期考慮做牙周手術治療，包括冠延長術、牙周翻瓣術以及牙周植骨術等手術治療。也就是把牙齦及牙周組織切開以後翻瓣，在可視範圍內刮出齦下的牙石以及肉芽組織，清理乾淨。個別牙位骨吸收比較嚴重，會考慮植骨修復，然後把翻起的牙周組織瓣複位縫合，這就是牙周手術治療。

也就是說牙周病嚴重時，除了需要系統的牙周治療外，還需要再進行牙周手術治療才能徹底的恢復。